Las estructuras de gestión y seguimiento del Programa son las siguientes:
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· Autoridad de Gestión: Dirección General de Fondos Comunitarios del Ministerio de Economía y Hacienda (España).
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· Autoridad de Certificación: Instituto Financiero para o Desenvolvimento Regional del Ministerio do Ambiente, Ordenamento do Territorio e Desenvolvimento Regional (Portugal).
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· Autoridad de Auditoria: Intervención General de la Administración del Estado (España), en coordinación con la Inspección General do Finanzas de Portugal.
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· Comité de Seguimiento: asegura la eficacia y la calidad de la ejecución del Programa.
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· Comité de Gestión: responsable de la selección de los proyectos y del seguimiento de los mismos durante su ejecución.
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· Comités Territoriales: se establece uno por cada Área de Cooperación para garantizar la aproximación a los promotores locales.
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· Coordinadores Regionales/Nacionales: interlocutores del Programa a nivel regional con las entidades participantes en los proyectos, participan en la selección y seguimiento de los proyectos.
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· Secretariado Técnico Conjunto: con sede en la ciudad de Badajoz, presta apoyo al conjunto de estructuras de gestión del Programa y a los promotores de proyectos.
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